[종합부동산세·경정] 임대주택 합산배제 부인과 기납부세액 누락 — 조심2026소1739 (2026-09-22)

사건번호: 조심2026소1739
결정일: 2026-09-22 | 세목: 종합부동산세 | 결정: 경정

1. 쟁점

임대사업자 등록과 주택임대업 사업자등록을 하지 않은 주택의 합산배제를 부인한 처분이 신뢰보호 원칙에 위배되는지, 경정 과정에서 이미 납부한 종부세를 차감해야 하는지가 쟁점이다.

2. 청구인 주장

청구인은 합산배제 신고를 과세관청이 장기간 유지하고 종부세를 부과해 왔으므로 이를 신뢰하였다고 주장하였다. 수년 뒤 합산배제를 부인해 과세하는 것은 신의성실·신뢰보호 원칙과 예측가능성을 침해한다는 입장이다.

3. 과세관청 의견

과세관청은 청구인이 지자체 임대사업자 등록 및 주택임대업 사업자등록을 하지 않아 당초부터 합산배제 요건을 충족하지 못했다고 보았다. 부과제척기간 내 기존 과세 오류를 바로잡은 것이므로 신뢰보호 원칙 위반이 아니라고 주장하였다.

4. 조세심판원 판단

심판원은 등록 요건 미충족과 합산배제 부인을 인정하였다. 다만 청구인이 2022년 귀속 종부세와 농어촌특별세를 이미 납부했는데 경정세액에 반영되지 않았음을 확인하여, 전자고지 세액공제 적용 전 기납부세액을 각각 차감하도록 경정하였다. 나머지 주장은 기각되었다.

5. 환급 검토 시사점

합산배제를 인정한 결정으로 해석하면 안 된다. 종부세 경정고지서와 최초 고지·납부확인서를 대조하여 같은 귀속연도의 종부세·농특세 기납부액이 누락되었는지 확인하고, 전자고지 세액공제 반영 방식도 점검한다.

원문: 조세심판원 결정례 원문