[취득세·경정] 중소기업 통합 후 지분 양도와 취득세 추징 범위 — 조심2025지1534 (2026-09-22)

사건번호: 조심2025지1534
결정일: 2026-09-22 | 세목: 취득세 | 결정: 경정

1. 쟁점

중소기업 통합으로 현물출자한 부동산의 감면 취득세를 추징할 때, 지분 처분 기준을 출자자 전체 또는 개별 출자자 중 누구에게 적용하고, 미처분 출자자의 부동산 지분까지 추징할 수 있는지가 쟁점이다.

2. 청구인 주장

청구법인은 통합으로 취득한 출자자 전체 지분의 처분비율이 50%에 미달하므로 추징사유가 발생하지 않았다고 주장하였다. 예비적으로 지분을 처분하지 않은 출자자가 현물출자한 사업용재산 부분은 추징에서 제외해야 한다고 주장하였다.

3. 과세관청 의견

과세관청은 개별 출자자가 통합으로 취득한 지분의 50% 이상을 5년 내 처분하면 추징요건이 충족된다고 보았다. 일부 출자자가 지분을 유지했더라도 법인이 취득한 현물출자 부동산 전체에 감면 추징이 가능하다는 입장이다.

4. 조세심판원 판단

심판원은 지분 처분 여부를 개별 출자자 기준으로 판단하여 50% 이상 처분한 출자자에 관한 추징사유를 인정하였다. 다만 양도소득세 이월과세 추징과의 정합성을 고려하여, 지분을 처분하지 않은 출자자의 현물출자 사업용재산 부분은 취득세 추징대상에서 제외하도록 경정하였다. 나머지 청구는 기각되었다.

5. 환급 검토 시사점

추징 전액을 환급하는 사례가 아니다. 출자자별 현물출자 재산 지분, 취득 지분 대비 처분비율, 처분 시점과 양도소득세 이월과세 납부 내역을 구분하여 미처분 출자자에 대응하는 재산까지 과다 추징되었는지 검토한다.

원문: 조세심판원 결정례 원문