[취득세·취소] 합병에 따른 특수관계인 간 주식 이전과 간주취득세 — 조심2025지1684 (2026-08-20)

사건번호: 조심2025지1684
결정일: 2026-08-20  |  세목: 취득세  |  결정: 취소

1. 쟁점

청구법인이 합병을 통해 피합병법인이 보유하던 쟁점주식을 취득한 것이 특수관계인 간 거래에 해당하여 간주취득세 과세대상에서 제외되는지 여부.

2. 청구인 주장

OOO의 지주회사인 E 주식회사가 청구법인과 B의 지분을 각각 50% 이상 보유하므로, E·청구법인·B는 동일한 과점주주 집단을 형성한다고 주장하였다.

3. 과세관청 의견

간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주 해당 여부는 특정 주주 1인의 주식 증가가 아니라, 과점주주 집단이 소유한 전체 주식 비율의 증가를 기준으로 판단하여야 한다는 의견이다.

4. 조세심판원 판단

청구법인인 합병법인은 모회사를 통하여 다른 자회사에 지배적인 영향력을 행사하고 있으므로, 피합병법인은 관련 법령상 청구법인의 특수관계인에 해당한다고 판단하였다.

5. 환급 검토 시사점

해당 과세기간 신고서, 계약서 및 거래·이용현황 증빙을 통해 법정요건 충족 여부와 과세표준의 적정성을 검토할 수 있습니다.

핵심 판단: 청구법인인 합병법인은 모회사를 통하여 다른 자회사에 지배적인 영향력을 행사하고 있으므로, 피합병법인은 관련 법령상 청구법인의 특수관계인에 해당한다고 판단하였다.

원문: 조세심판원 결정례 원문