[부가가치세·경정] 조심 2025서3995 — 쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부 (2026.05.13)

사건번호: 조심 2025서3995
결정일: 2026.05.13
세목: 부가가치세
결정유형: 경정

공개 결정서의 요지를 발췌했습니다. ‘…’는 원문 일부가 생략되었다는 뜻이며, 자세한 내용은 아래 원문을 확인하세요.

쟁점
쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

청구인 주장
청구법인은 한국인터넷진흥원(KISA), 한국산업기술평가관리원(KEIT), 정보통신산업진흥원(NIPA)으로부터 국고보조금OOO을 수령하였고, 쟁점①매입세액은 위 국고보조금을 재원으로 지출하였다. 사업자가 과세사업을 위해 지출한 매입세액은 국고보조금 또는 면세사업에서 발생한 수입금액 등의 재원의 형태와 무관하게 오로지 매입한 재화나 공급하는 용역이 과세사업에 사용되었는지 여부에 따라 매출세액에서…

과세관청 의견
청구법인은 2020년 개업 이후 매년 아래 와 같이 정부수탁 연구개발과제를 수행한 것으로 나타나고, 2020년부터 현재까지 수행한 과제들과 관련된 과세 매출(기술료 수입 등)이 발생하지 않았다. 쟁점연구과제에 관한 매출이 발생하지 않는 현재 시점에서 쟁점①․②매입세액이 과세사업에 실지 귀속하였는지 여부는 청구법인의 전반적인 사업의 실질에 근거해서 판단하여야 한다.…

조세심판원 판단
쟁점①매입세액은 메타버스·블록체인 등 디지털기술을 통해 청구법인이 교육 디지털 플랫폼으로 기능하도록 하고, 이는 청구법인이 제공하는 교육 프로그램의 경쟁력을 강화하여 과·면세 사업 모두에 공통적으로 기여할 것으로 보이는 점, 해당 기술이 어느 사업에 어느 비율로 사용될지 불분명하여 실지귀속을 구분할 수 없으므로 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당

출처: 조세심판원 결정례 원문