[법인세·취소] 조심 2025서3752 — 완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 (2026.06.12)

사건번호: 조심 2025서3752
결정일: 2026.06.12
세목: 법인세
결정유형: 취소

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쟁점
완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

청구인 주장
쟁점주식의 세무상 장부가액은 쟁점합병의 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금으로 산입되어야 한다. (가) 쟁점주식 전량은 쟁점합병으로 인하여 무상감자된 것으로, 기획재정부 및 국세청 예규(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29., 사전-2021-법규법인-1653, 2022.9.6., 사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30. 및 법인세과-1412, 2009.1…

과세관청 의견
청구법인이 제시한 기획재정부 및 국세청 예규(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29. 및 사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30.)는 모법인이 지분 일부를 소유한 자회사 간의 합병에 관한 것으로, 이러한 경우 소멸한 피합병법인에 대한 지배력이 자회사 지분율에 따라 변동되어 경제적 실질이 달라지는 반면, 이 건과 같은 완전자회사 간 합병은 합병 전‧후로 자회사에 대한…

조세심판원 판단
완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것임

출처: 조세심판원 결정례 원문