[법인세·취소] 조심 2024중3058 — 완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 (2026.06.25)

사건번호: 조심 2024중3058
결정일: 2026.06.25
세목: 법인세
결정유형: 취소

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쟁점
완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

청구인 주장
완전자회사 간의 무증자(흡수)합병 결과, 소멸법인은 소멸하여 그 주주의 권리 또한 소멸하게 되는바, 주주(모회사)인 청구법인으로서는 그간 보유하던 자산(소멸법인 지분가액)이 감소된 것으로[무증자합병을 계기로 소멸법인의 지분은 손금으로 확정․실현되는 반면, 존속법인의 지분은 잠재적․임의적 평가증 상태에 불과하다], 해당 가액을 (무증자)합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입함이 타당하다.

과세관청 의견
완전자회사 간의 무증자합병의 결과로 모회사가 보유한 소멸법인의 지분이 소멸되더라도, 그와 동시에 모회사가 보유한 존속법인의 지분가치는 증가하게 되므로, 모회사인 청구법인 입장에서는 (무증자)합병을 전․후하여 경제적 실질상에 아무런 변화가 없다. 그럼에도 소멸법인의 지분가액에 대한 손금만을 인정할 경우 무증자합병이 조세회피 수단으로 악용될 우려가 있는바, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

조세심판원 판단
완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취…

출처: 조세심판원 결정례 원문