[법인세·취소] 조심 2025중3593 — 완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 (2026.09.03)

사건번호: 조심 2025중3593
결정일: 2026.09.03
세목: 법인세
결정유형: 취소

쟁점
완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부가 쟁점이다.

청구인 주장
무증자합병시 합병으로 취득한 주식의 취득가액 산정과 관련하여 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제5항 제1호의3(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 적용할 수 없으므로, 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액을 합병으로 취득한 신주의 취득가액이라고 볼 근거가 존재하지 아니하다.

과세관청 의견
청구법인은 완전자회사 간 무증자합병 시 소멸되는 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액이 손금에 해당한다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.

조세심판원 판단
무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨이 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보임.

출처: 조세심판원 결정례 원문